Bei letzterem waren die Kraichgau Ritter Dietrich und Wolf von Gemmingen, sowie Philipp von Helmstatt Augenzeuge von Luthers Vernehmung. Die Adligen waren so überzeugt von Luthers Lehre, dass sie bald „evangelische“ Pfarrer beriefen und sich zur reformatorischen Lehre bekannten.
Auch die „von Venningen“, in deren Besitz sich Zuzenhausen befand, schlossen sich der Bewegung an. So führte im Jahr 1552 Erasmus von Venningen die Reformation in Zuzenhausen ein.
Bald schon teilte sich die reformatorische Lehre in zwei Richtungen: „evangelisch lutherisch“ und „evangelisch reformiert“. Der Unterschied bestand hauptsächlich durch die verschiedene Auffassung zum Abendmahl. Der auf den 1559 verstorbenen Kurfürsten Otto Heinrich folgende Friedrich III. neigte sich bald mehr und mehr der reformierten Lehre zu, und wollte diese auch verpflichtend in den Kraichgaugemeinden einführen. Je nach Einfluss der Grundherren gelang das mehr oder weniger gut. Während z.B. Meckesheim auf einen Schlag reformiert wurde, gelang dies in Zuzenhausen nicht vollständig, da sich der Kraichgauer Adel, mitunter auch die von Venningen, mit aller Macht dagegen wehrten. Fortan fanden aber getrennte Gottesdienste der beiden evangelischen Glaubensrichtungen statt.
Das nächste einschneidende Ereignis fand im Jahr 1699 statt, als die kurpfälzische Landesregierung an die katholische Wittelsbacher Linie derer von Pfalz-Neuburg fiel. Eine katholische Kirchengemeinde wurde im Ort gegründet und das evangelische Kirchenvermögen musste mit den Katholischen geteilt werden. Ebenso wurde ab sofort die Kirche (jetzige kath. Kirche) simultan von allen 3 Konfessionen benutzt.
6 Jahre später, im Jahr 1705 beschloss der nunmehr regierende katholische Kurfürst Johann Wilhelm durch eine Religionsdeklaration, dass in der Kurpfalz von jeweils sieben Kirchen zwei an die Katholiken abgetreten werden mussten. Zuzenhausen war so eine „durchgefallene“ Gemeinde. Damit mussten das Pfarrhaus, die Pfarrpfründe sowie das Kirchengebäude an die wenigen katholischen Einwohner übergeben werden. Die beiden evangelischen Geschwistergemeinden fristeten daraufhin ein kümmerliches Dasein für die nächsten 125 Jahre im Rathaussaal. Die „Rathauskirche“ war natürlich, gerade auch nach der Union der beiden evangelischen Kirchen im Jahr 1821, viel zu klein.
Nachdem 1803 die Kurpfalz badisch geworden war, und mit Großherzog Karl Friedrich von Baden wieder ein evangelischer Landesherr an der Regierung war, erhoffe man sich Unterstützung für einen Kirchenneubau. 1822 wurde die Planung in Auftrag gegeben und nachdem man das Grundstück am Ortseingang von Bürgermeister Christoph Keidel (genannt „Schulz Keidel“) erwerben konnte, wurde 1828 mit den Bauarbeiten begonnen. Unter großer finanzieller Last der Bürger konnte das klassizistische Gebäude am 25. August 1831 eingeweiht werden. Die evangelischen Bürger haben endlich wieder eine eigene Kirche.
